Некоторые последние знаки в создаваемых словарях обрезаются и заменяется на точку. Например, вот в этом словаре
http://klavogonki.ru/vocs/135043/
вместо "?!" отображается "?."

Да, так и есть. Где обрезается, добавляй сам символ в конец. Это проблема очень старая, как и проблемы с последними отрывками в книгах

Добавление точки приводит к появлению в конце "?!." вместо "?!"

Штранна, должно быть несложно пофиксить, наверняка обработка текста при добавлении в словарь -- не особо сложный код.

UPD: добавление другого символа точно так же заменяет его на точку.
Например, "?!_" приводит к "?!."
Так что закончить словарь "?!" у меня пока никак не вышло.

Решение этой проблемы можно отслеживать под #393.

По-моему, это было когда-то сделано для очень коротких словариков, типа кибертекстов. (Ну или не «было сделано», а «этим багом пользовались»).
Могу ошибаться.